器官学说是维吾尔医学学基本理论之一，是人体器官定义、种类和功能的学说，维吾尔医学称其为“艾扎”学说。维吾尔医学把人体内的脑、心、肝、肺、脾、肾、胆、胃、食道、十二指肠、小肠、大肠、膀胱、子宫、血脉、管道、腺体、皮下脂肪、内脏脂肪、骨骼、脊髓、肌肉、筋膜、软骨、韧带、腱膜、腹膜、胸膜等，体外的皮肤、毛发、指甲、眼、耳、口、牙、舌、前阴、睾丸、后阴等都统称为器官。维吾尔医学解剖学与现代医学解剖基本相同，但是对其生理功能的论述有所不同，主要区别是，维吾尔医学认为各器官均有与其功能相应的特有气质。维吾尔医学根据器官各自的功能和作用，分为支配器官和被支配器官两大类。

（1）支配器官

　　维吾尔医学认为支配器官是指脑、心、肝三个主要器官。它们不但是保存人体三大力，即生命力、精神力和自然力的部位，而且是这三大力的始发点。它们在保持人的生存、繁殖及管理智力、体力活动中，不但起重要的作用，而且指挥被支配器官，并且通过它们的间接作用，在总体上调整、充实和控制全身的一切生命活动，从而维持全身的整体性。

　　维吾尔医学认为，脑是产生思维、感觉和运动即精神力的中心。脑皮层支配主脑、长脑、间脑和后脑。心产生生命力，是生命力的中心和起源点。它支配肺和血脉来完成本身的作用。肝是自然力的中心，它产生四种体液，并通过心脏将它们输送到全身完成本身的作用。

（2）被支配器官

　　被支配器官是指在支配器官的指挥下，对其它有关器官产生一定的影响，并且通过它们的作用继续完成本身功能的器官。被支配器官根据各自分布的位置和性质，按照本身所起作用的主次又分为主要被支配器官和次要被支配器官两类。

　　主要被支配器官是指不但受支配器官的支配，而且本身也能支配其他有关器官，才能完成本身作用的器官。包括肺、脾、胃、胆、肠、肾、膀胱、子宫、眼、耳、睾丸等。如：肺，既受脑和心的支配，又支配血脉；脾，既受肝的支配，又支配肝门静脉；胆囊，既受肝的支配，又支配肠；胃，既受肝的支配，又支配食道；肾，既受脑的支配，又支配膀胱和尿道等。

　　次要被支配器官是指不能支配其他器官，只能作为被支配器官受到支配的器官。它们虽然从生命力得到营养完成自己的作用，但是在本质和质量上不能成为独立的器官。它们是联接人体各个机构、维持其形状、为生命的各种活动起间接性服务作用的有机整体。包括：骨骼、软骨、脊髓、肌肉、筋膜、韧带、腱膜、血脉、管道、脂肪、皮肤、毛发、指甲等。

（3）器官的气质

　　器官的气质是维吾尔医学气质学说与器官学说相结合产生的一种独特观念。维吾尔医学认为，各器官均有特定且与本身功能相符的气质，了解其气质，掌握其变化，对指导各类器官相应病症的立法治则具有重要的意义。维吾尔医学将各器官的气质也可概括为干热、湿热、湿寒、干寒和平和五类气质。属于干热气质的器官有胆囊；属于湿热气质器官包括肝、心、肺、肌肉、食道、十二指肠和小肠；属于湿寒气质器官包括脂肪、胃、脑、肾、脊髓和最小单位（细胞）；属于干寒气质器官包括脾、骨骼、毛发、指甲、筋肌、软骨、韧带、膜、大肠和膀胱；属于平和气质器官包括手指、手掌、手背和皮肤。维吾尔医学认为，各个器官都有各自相应的气质。①心，心的原有气质为干热，但由于它在两肺叶之间，并且血液不断通过心脏流动，故其气质变为湿热。②肝和肌肉，肝依靠心脏输送的血液所供养，肌肉也与血液直接接触，故肝和肌肉的气质也为湿热。③食道、十二指肠和小肠，食道位于两肺之间及心的右侧，胆液质流入十二指肠，故其气质均为湿热。④肺，原气质为湿寒，但因经常活动，且位于心脏两侧，既不偏干又不偏寒，故其气质为湿热。⑤胃，原气质为湿热，但由于受到胃液及黑胆质寒的影响而倾向于湿寒。⑥脑、脊髓、脂膜及组织液、骨关节间液、肾及其周围脂肪，这些器官组织的气质均为湿寒。⑦大肠和膀胱，其功能是暂时储存及排泻废物，并且远离热性气质的器官，故其气质倾向于干寒。⑧脾、骨骼、筋肌、软骨、韧带、腱膜、头发及指甲，其气质均为干寒。⑨皮肤，其气质虽然被认为与个人的气质相同，但由于内外环境的影响，倾向于干的平和。⑩手，在所有器官中，手的气质为平和，尤其是食指指端的气质最为平和，其他手指及手掌、手背的气质则较为平和。